特許庁では、従来から、手続上の瑕疵のある出願の後願となる商標登録出願について、当該後願となる商標登録出願に手続上の瑕疵がないことが確認できれば、先願となる手続上の瑕疵のある出願が却下されるのを待つことなく、実体審査を開始する運用を行ってきています。 その実体審査においては、先願となる手続上の瑕疵のある出願が却下されるまでの間に、いったん拒絶理由を通知する場合がありますが、審査官が当該先願となる出願の却下を確認次第、登録査定を行います（他の拒絶理由等がない場合に限る）※1。
情報源: 手続上の瑕疵のある出願の後願となる商標登録出願の審査について（お知らせ） | 経済産業省 特許庁
コメント：PPAPの件でマスコミに取り上げられて、数か月経ちますが、特許庁がこの運用を全面に出すということは、まだ大量出願が収まってはいないということかなと邪推します。
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